Haunted significa 'assombrado' ou 'atormentado'. Embora possa referir-se a um lugar com fantasmas, aqui é usado de forma mais figurada.
Na canção, Miley Cyrus usa "haunted" para expressar a sensação de ser atormentada pela ausência de alguém. Ela canta "I'm haunted, you're lost in my soul like God", transmitindo a ideia de que a pessoa amada está tão profundamente enraizada na sua alma que a sua falta a persegue e a consome, como se fosse uma presença fantasmagórica.
Em "Pretend You're God", Miley Cyrus mergulha numa espiral de desejo e desespero. A letra descreve um amor tão intenso que a sua imagem nos sonhos atinge a narradora "como mil comboios". Existe um medo profundo de acordar para a realidade e descobrir que essa pessoa já não está lá, levando a uma pergunta desesperada: "Ainda me amas?". No entanto, o medo da resposta é tão grande que ela prefere o silêncio à verdade: "Não importa, fica em silêncio se não me amares".
O refrão revela o cerne da canção: um pedido para que o amado finja ser Deus. Não se trata de religião, mas sim de um desejo de que essa pessoa tenha um poder absoluto para proporcionar segurança e recriar o universo ("Recria as estrelas para mim, uma a uma"). É um apelo por um amor que seja uma fantasia perfeita, uma fuga da dor da incerteza. A canção termina com a sensação de assombração, onde a ausência da pessoa amada é sentida como uma presença divina e obsessiva na alma: "Estou assombrada, estás perdido na minha alma como Deus".