Crucify σημαίνει «σταυρώνω». Είναι μια λέξη με έντονη θρησκευτική χροιά, που παραπέμπει στην σταύρωση του Ιησού Χριστού.
Στο τραγούδι, η Lady Gaga χρησιμοποιεί τη λέξη μεταφορικά, λέγοντας «I won't crucify the things you do». Αυτό σημαίνει ότι δεν θα καταδικάσει ή θα κρίνει αυστηρά τις πράξεις του άλλου, δείχνοντας μια στάση αποδοχής και συγχώρεσης, παρά τον πόνο που μπορεί να έχει βιώσει.
Στο "Bloody Mary", η Lady Gaga δημιουργεί έναν κόσμο όπου ο έρωτας και η θρησκευτική αφοσίωση γίνονται ένα. Η τραγουδίστρια υιοθετεί την περσόνα μιας σύγχρονης Μαρίας Μαγδαληνής, μιας γυναίκας δυνατής και αμετανόητης. Δηλώνει πως ακόμα κι όταν ο αγαπημένος της φύγει, η «θρησκεία» της θα είναι αυτός. Αντιμετωπίζει την κρίση και την τιμωρία («I'm ready for their stones») όχι με δάκρυα, αλλά με έναν εκστατικό, προκλητικό χορό, υψώνοντας τα χέρια της «Like Jesus said».
Αυτός ο χορός είναι μια πράξη απελευθέρωσης. Η Gaga αρνείται να είναι απλώς ένα παθητικό έργο τέχνης, όπως λέει «We are not just art for Michelangelo to carve», τονίζοντας την άγρια δύναμη της καρδιάς της. Παρόλη τη σκληρή της εικόνα, υπάρχει μια υποβόσκουσα ευαλωτότητα, που εκφράζεται στα γαλλικά με τη φράση «J'veux pas mourir toute seule» (Δεν θέλω να πεθάνω μόνη). Το τραγούδι είναι ένας ύμνος στην αιώνια αγάπη, την ανθεκτικότητα και την ικανότητα να παραμένεις ο εαυτός σου, ακόμα και μετά από μια μεγάλη απώλεια.