Haunt significa 'tormentare' o 'perseguitare', spesso con l'immagine di un fantasma che non ti lascia in pace. È una parola che evoca un senso di presenza persistente, anche dopo che qualcosa o qualcuno se n'è andato.
In questa canzone, il cantante chiede alla persona amata di "Come back and haunt me" (Torna e perseguitami). È una richiesta potente e un po' paradossale, che mostra il suo desiderio disperato che il ricordo e la presenza dell'amore perduto rimangano con lui, anche se dolorosi, piuttosto che svanire del tutto.
Questa è una delle ballate rock più famose dei Coldplay, e il motivo è semplice: parla di un sentimento che tutti conosciamo, il desiderio di tornare indietro nel tempo per sistemare le cose. Il narratore si presenta subito con un'ammissione di colpa: "Come up to meet you / Tell you I'm sorry" (Sono venuto per incontrarti / Per dirti che mi dispiace). È un inizio diretto e pieno di rimpianto.
Il titolo "The Scientist" (Lo Scienziato) non è casuale. Lui ha provato ad analizzare la relazione in modo logico, quasi scientifico, "guessing at numbers and figures / pulling the puzzles apart" (tirando a indovinare numeri e cifre / scomponendo i puzzle). Ma alla fine, ha capito che la logica non serve a nulla in amore. La sua conclusione è una delle frasi più belle della canzone: "Questions of science / Science and progress / Do not speak as loud as my heart" (Le questioni di scienza / Scienza e progresso / Non parlano forte come il mio cuore). La sua richiesta disperata di "Take me back to the start" (Riportami all'inizio) è il cuore pulsante di tutto il brano.