Uncertainty betyr 'usikkerhet'. Det er et sterkt ord som beskriver en tilstand av tvil eller mangel på visshet, noe som er et sentralt tema i sangen.
I "What I've Done" synger Linkin Park om å rydde opp i fortiden og møte konsekvensene av sine handlinger. Linjen "While I clean this slate with the hands of uncertainty" viser hvordan hovedpersonen tar tak i problemene sine, selv om fremtiden er uklar og full av usikkerhet. Det gir en dypere mening til kampen om å starte på nytt.
Linkin Parks «What I've Done» er en kraftfull sang om å ta et oppgjør med fortiden for å kunne starte på nytt. Teksten beskriver en symbolsk avskjed, ikke med en annen person, men med en tidligere versjon av seg selv. Sangeren uttrykker en dyp anger som stammer fra «sannheten i tusen løgner», og lengter etter å få «vasket bort» alt det gale som er gjort.
Kjernen i sangen er beslutningen om å «møte meg selv» og «stryke ut det jeg har blitt». Det handler om å ta ansvar, slette fortidens feil og gi slipp. Til tross for usikkerheten som følger med en ny start, er budskapet håpefullt. Ved å tilgi seg selv for «det jeg har gjort», kan sangeren endelig legge fortiden bak seg og begynne på et nytt kapittel, uansett hvilken smerte som måtte komme.