Antidote significa 'antidoto', una sostanza capace di contrastare gli effetti di un veleno o di una malattia. È una parola forte e specifica, che raramente si trova nelle canzoni pop.
Nel contesto della canzone, Lady Gaga canta "I could be your antidote tonight" ("Potrei essere il tuo antidoto stanotte"), offrendosi come cura per il dolore emotivo della persona amata, come se il suo amore potesse guarire ogni ferita.
In Disease, Lady Gaga si rivolge a una persona che sta soffrendo profondamente. Questa persona è descritta come se fosse malata, con un "veleno dentro" (Poison on the inside) e tormentata dai ricordi (Plagued with all your memories). Sembra aver esaurito ogni speranza e ogni cura, gridando disperatamente come se stesse per morire. La canzone usa la potente metafora di una malattia per descrivere un dolore interiore, un'angoscia che consuma dall'interno.
Di fronte a questa sofferenza, la cantante si propone come l'unica soluzione, l'antidoto. Con un tono sicuro e seducente, si offre di "interpretare il dottore" (play the doctor) e di guarire questa malattia. La cura che promette è intensa, quasi un'esperienza mistica o fisica che porta all'estasi (Eyes roll back in ecstasy). Lady Gaga si presenta come una figura potente, capace di conoscere i segreti più profondi e di offrire una salvezza quasi divina a chi si affida a lei.