Baffled significa 'perplejo' o 'desconcertado'. Es una palabra que describe un estado de confusión o asombro, a menudo porque algo es difícil de entender o explicar.
En la canción, se usa para describir al "baffled king composing Hallelujah" (el rey perplejo componiendo Hallelujah). Esto sugiere que incluso un rey, con todo su poder y conocimiento, puede sentirse desconcertado ante la complejidad de la fe o la vida, lo que le lleva a una expresión de alabanza o desesperación.
La canción describe su propia música mientras suena. «The fourth, the fifth, the minor fall, the major lift» (La cuarta, la quinta, la caída menor, el levantamiento mayor) nombra los acordes que se oyen justo debajo de esa línea, y quien los toca es «The baffled king composing Hallelujah» (El rey desconcertado componiendo Aleluya): el rey David.
Los dos versos centrales traen a dos hombres derribados por una mujer. «You saw her bathing on the roof» (La viste bañándose en el techo) es David mirando a Betsabé desde su terraza; «She broke your throne and she cut your hair» (Ella rompió tu trono y te cortó el pelo) es Dalila y Sansón. Por eso el estribillo no celebra nada: «And love is not a victory march» (Y el amor no es una marcha victoriosa), y lo que queda es «It's a cold and it's a broken Hallelujah» (Es un aleluya frío y roto). Pentatonix lo canta a cinco voces sin ningún instrumento, así que esos acordes que la letra nombra los sostienen las voces mismas.