Luftballons kelimesi, "hava balonları" anlamına gelir. Bu şarkının ikonik başlığı ve ana temasıdır.
Şarkıda, doksan dokuz adet hava balonunun yanlışlıkla UFO sanılmasıyla başlayan ve nükleer bir savaşa yol açan trajikomik bir hikaye anlatılır. Bu kelime, masum bir nesnenin nasıl büyük bir yanlış anlaşılmaya ve yıkıma yol açabileceğini göstererek şarkının derin mesajını taşır.
Nena'nın "99 Luftballons" şarkısı, aslında çok basit bir olaydan nasıl büyük bir kargaşa çıkabileceğini anlatan eğlenceli ve düşündürücü bir hikaye. Şarkı, gökyüzünde süzülen doksan dokuz kırmızı balonun ("neunundneunzig Luftballons") nasıl bir yanlış anlaşılmaya yol açtığını anlatıyor. Bu balonlar, uzaydan gelen UFO'lar sanılıyor ("Hielt man für UFOs aus dem All").
Bu yanlış anlaşılma yüzünden bir general, savaş uçaklarını ("Düsenflieger") peşlerinden gönderiyor ve bu durum büyük bir karmaşaya, hatta savaşa yol açıyor. Şarkı, savaşın anlamsızlığını ve nasıl küçük bir olayın bile büyük felaketlere dönüşebileceğini eleştirel bir dille anlatıyor. Sonunda ise her şeyin yıkıldığı bir dünyada, şarkıcı bulduğu bir balonu uçurarak sevdiklerini anıyor ("Hab 'n Luftballon gefunden / Denk' an dich und lasse ihn fliegen").