Apologize reiškia „atsiprašyti“. Tai yra pagrindinis šios dainos žodis, kuris atspindi pagrindinę dainos temą – apgailestavimą ir atleidimą.
Dainoje „Apologize“ šis žodis kartojasi daug kartų, pabrėžiant, kad kartais būna per vėlu atsiprašyti ir atitaisyti padarytą žalą. Tai ne tik veiksmažodis, bet ir emocinė būsena, kurią dainininkas išgyvena, suprasdamas, kad jo atsiprašymai nebebus priimti.
Ši daina – tai galingas pasakojimas apie santykius, pasiekusius lūžio tašką. Dainos herojus jaučiasi tarsi pakibęs ore, įsikibęs į kito žmogaus virvę („I'm holding on your rope / Got me ten feet off the ground“), visiškai priklausomas ir pažeidžiamas. Jį nuolat glumina prieštaringi signalai: iš pradžių jam sakoma, kad jo reikia, o tada jis be gailesčio „nukertamas“. Šis emocinis žaidimas atima žadą ir palieka jausmą, jog nebegali ištarti nė garso.
Nors anksčiau meilė liepsnojo ryškiai raudona ugnimi („I loved you with a fire red“), dabar ji virsta šalta, mėlyna spalva. Ateina momentas, kai atsiprašymas, nors ir skambantis „kaip angelo“, nebegali ištaisyti padarytos žalos. Tai daina apie jėgų atgavimą ir suvokimą, kad kartais tiesiog būna per vėlu. Garsus ir aiškus „It's too late to apologize“ (liet. „Jau per vėlu atsiprašyti“) tampa galutiniu sprendimu, užveriančiu duris į skausmingą praeitį.