Apologize σημαίνει «ζητώ συγγνώμη». Είναι μια λέξη που χρησιμοποιούμε όταν εκφράζουμε τη λύπη μας για κάτι που κάναμε ή είπαμε.
Στο τραγούδι, η επανάληψη του «It's too late to apologize» (Είναι πολύ αργά για να ζητήσεις συγγνώμη) είναι κεντρική. Δείχνει την απογοήτευση και την οριστική απόφαση του τραγουδιστή να μην δεχτεί πλέον τις συγγνώμες, καθώς ο πόνος που του προκάλεσαν είναι πλέον ανεπανόρθωτος.
Το "Apologize" περιγράφει μια σχέση που έχει φτάσει στο τέλος της. Ο τραγουδιστής νιώθει αβοήθητος και ευάλωτος, σαν να «κρατιέται από το σχοινί σου» και να βρίσκεται «δέκα πόδια πάνω από το έδαφος». Περιγράφει έναν κύκλο όπου ο άλλος του λέει ότι τον χρειάζεται, μόνο για να τον «ρίξει» αμέσως μετά. Αυτή η συναισθηματική αναταραχή τον αφήνει άφωνο, ανίκανο να εκφραστεί.
Παρά την έντονη αγάπη που ένιωθε, μια αγάπη «με μια κόκκινη φωτιά» που τώρα «γίνεται μπλε», ο τραγουδιστής συνειδητοποιεί ότι δεν μπορεί πλέον να συνεχίσει. Ακόμα κι αν η συγγνώμη ακούγεται ειλικρινής, «σαν άγγελος», η εμπιστοσύνη έχει χαθεί. Το τραγούδι είναι μια δυνατή δήλωση ότι κάποιες φορές η ζημιά είναι πολύ μεγάλη για να διορθωθεί, και είναι απλά «πολύ αργά για να ζητήσεις συγγνώμη».