Apologize znamená „omluvit se“. Je to klíčové slovo v názvu písně a opakuje se v refrénu, což z něj dělá ústřední téma.
V kontextu písně vyjadřuje frustraci a zklamání z toho, že omluva přichází příliš pozdě. Zpěvák dává najevo, že i když by dříve dal další šanci, nyní už je příliš pozdě na to, aby se věci napravily. Je to silné slovo, které nese emocionální váhu a je snadno zapamatovatelné.
„Apologize“ je silná balada o vztahu, který se ocitl na bodu zlomu. Zpěvák popisuje pocit, jako by visel na laně, „deset stop nad zemí“ (ten feet off the ground), zcela v moci druhé osoby. Ta mu neustále dává smíšené signály: v jednu chvíli říká, že ho potřebuje, a vzápětí ho „srazí k zemi“ (cut me down). Je to příběh o bolestivém cyklu naděje a zklamání, kde už slova nestačí.
I když zpěvák kdysi miloval s vášní „ohnivě rudou“ (fire red), tento cit nyní chladne a mění se v modrou. Navzdory tomu, jak moc druhého potřeboval – „jako srdce potřebuje tlukot“ (like a heart needs a beat) – přichází zlomový okamžik. Omluva, i když zní sladce jako od anděla, přichází příliš pozdě. Škoda už byla napáchána a zpěvák konečně nachází sílu říct: „Je příliš pozdě na omluvu.“