Deafening significa “ensordecedor”: algo tan fuerte que casi no permite oír nada. En la canción aparece en la imagen poética de un silencio que se transforma en un “deafening, painful, shameful roar”, un rugido ensordecedor, doloroso y vergonzoso, creando un contraste muy impactante entre el silencio y el ruido.
La canción empieza como una historia sobre un hombre "Up on his horse" (montado en su caballo), alguien que "Sizes you up, plans his attack" (te mide, planea su ataque). El narrador vive bajo su control, "I'm under his thumb" (estoy bajo su control), y aun así decide hablar: "I'm gonna say what's on my mind" (voy a decir lo que pienso). Cuando nadie aparece en el momento justo, "I needed you there" (te necesitaba ahí), la respuesta es seguir sin ayuda: "I'll go alone" (iré solo).
Al final la historia se convierte en despedida. "Gone now are the old times" (ya se fueron los viejos tiempos) y los amigos de antes esperan "at the bottom" (en el fondo) de un océano que se lo tragó todo, menos a ellos: "Is us, so pardon the silence" (somos nosotros, así que perdona el silencio). Ese silencio crece hasta volverse "a deafening, painful, shameful roar" (un rugido ensordecedor, doloroso y vergonzoso). El título nombra a los Mets, el equipo de béisbol de Nueva York, la ciudad donde nació la banda, pero la letra nunca habla de béisbol.