Atlantis se odnosi na legendarni izgubljeni grad, poznat po svojoj naprednoj civilizaciji i tragičnom potonuću u okean.
U ovoj pesmi, "Atlantis" se koristi kao metafora za vezu koja je nekada bila jaka i prelepa, ali je sada na ivici propasti. Pevač kaže: "I can't save us, my Atlantis, we fall" (Ne mogu nas spasiti, moja Atlantido, padamo), što dočarava osećaj neizbežnog kraja nečega što je nekada bilo veličanstveno.
Pesma „Atlantis“ koristi moćnu metaforu o legendarnom potonulom gradu kako bi opisala kraj jedne veze. Pevač peva o svetu koji je par zajedno izgradio, njihovoj ličnoj „Atlantidi“, koja se sada ruši i ne može biti spasena. Stihovi poput „Ne mogu nas spasiti, moja Atlantido, padamo“ i „Ovaj grad smo sagradili na drhtavom tlu“ otkrivaju da je veza od samog početka imala slabe temelje.
Kroz pesmu se provlači osećaj neizbežnosti i tuge. Izgovorene su reči koje se ne mogu povući („Neću nikada povući stvari koje sam rekao“), a ptice koje napuštaju drveće simbolizuju gubitak nade i pustoš. Pevač izražava dubok strah od gubitka svega što je ikada poznavao, pa čak i sumnju u sopstvenu sposobnost da voli. To je priča o prelepom, ali krhkom svetu koji je stvoren samo da bi na kraju bio uništen.