Atlantis αναφέρεται στην Ατλαντίδα, το μυθικό νησί που χάθηκε κάτω από τη θάλασσα. Είναι μια λέξη με έντονο συμβολισμό και ιστορία.
Στο τραγούδι, η Ατλαντίδα χρησιμοποιείται ως μεταφορά για μια σχέση που καταρρέει. Ο στίχος "I can't save us, my Atlantis, we fall" δείχνει ότι η σχέση, όπως και η Ατλαντίδα, ήταν κάποτε σπουδαία αλλά τώρα βυθίζεται, αδύνατη να σωθεί.
Το "Atlantis" χρησιμοποιεί τον ισχυρό μύθο της χαμένης πόλης της Ατλαντίδας για να περιγράψει μια σχέση που καταρρέει. Ο τραγουδιστής παρομοιάζει τον έρωτά τους με μια πόλη που έχτισαν μαζί, αλλά πάνω σε «α unsteady ground» (ασταθές έδαφος), κάνοντάς την καταδικασμένη να βυθιστεί. Η εικόνα των πουλιών που «έχουν εγκαταλείψει τα δέντρα» δημιουργεί μια αίσθηση ερήμωσης και θλίψης, καθώς ο κόσμος που δημιούργησαν μαζί γκρεμίζεται.
Οι στίχοι εκφράζουν τον πόνο των σκληρών λέξεων που ανταλλάχθηκαν και δεν μπορούν να παρθούν πίσω, όπως λέει ο στίχος «You can't take back the things you said». Υπάρχει μια βαθιά αίσθηση απόγνωσης και παραίτησης, με τον τραγουδιστή να παραδέχεται την αδυναμία του: «I can't save us, my Atlantis, we fall» (Δεν μπορώ να μας σώσω, Ατλαντίδα μου, πέφτουμε). Το τραγούδι αποτυπώνει την τραγική ομορφιά του να χτίζεις κάτι υπέροχο, γνωρίζοντας ταυτόχρονα ότι είναι φτιαγμένο απλώς «για να το γκρεμίσεις».