Kryptonite verwijst naar het fictieve mineraal dat Superman zijn krachten ontneemt. Het is een iconisch woord uit de popcultuur dat staat voor iemands grootste zwakte of kwetsbaarheid.
In dit nummer gebruikt 3 Doors Down het om de afhankelijkheid van de zanger van een ander persoon te beschrijven. Hij vraagt zich af of de ander er nog steeds voor hem zal zijn, zelfs als hij zijn 'superkrachten' verliest, wat de diepte van hun relatie en zijn angst voor kwetsbaarheid benadrukt.
In "Kryptonite" van 3 Doors Down volgen we een persoon die worstelt met zijn gedachten en gevoelens. Hij heeft een reis gemaakt, misschien wel letterlijk, om zijn "troubled mind" [onrustige geest] te kalmeren, en voelt zich zo losgekoppeld dat hij zijn "body lying somewhere in the sands of time" [lichaam ergens in het zand van de tijd] heeft achtergelaten. Hij kijkt toe hoe de wereld "to the dark side of the moon" [naar de donkere kant van de maan] drijft en voelt zich machteloos.
Het lied draait om een diepe afhankelijkheid van een ander. De zanger vraagt zich af of deze persoon hem nog steeds "Superman" zal noemen als hij gek wordt, en of ze er nog steeds zullen zijn om zijn hand vast te houden als hij "alive and well" [levend en wel] is. Hij belooft de ander aan zijn zijde te houden met zijn "superhuman might" [bovenmenselijke kracht], maar noemt de persoon ook zijn "Kryptonite". Dit is een fascinerende tegenstelling: de persoon is zowel zijn kracht als zijn zwakte. Hij herinnert de ander eraan dat hij er altijd voor hen was, zelfs toen ze "stumbled in and bumped your head" [struikelden en hun hoofd stootten], en dat ze zonder hem "dead" [dood] zouden zijn geweest. Het is een krachtig nummer over loyaliteit, kwetsbaarheid en de complexiteit van menselijke relaties.