Apologize betyder 'undskylde'. Det er et centralt ord i sangen, da hele temaet handler om at sige undskyld, men at det er for sent.
Timbaland synger om at modtage en undskyldning, men at skaden allerede er sket, og det er for sent at rette op på det. Ordet fanger den følelse af fortrydelse og uigenkaldelighed, der gennemsyrer sangen.
Har du nogensinde følt dig fanget i et forhold? I "Apologize" maler OneRepublic et billede af netop den følelse. Forsangeren synger om at hænge i en andens reb, "ten feet off the ground" (tre meter over jorden), hvilket er en stærk metafor for at være fuldstændig i en andens magt. Sangen beskriver en cyklus af at blive trukket tæt på med ord som "I need you" (jeg har brug for dig), for derefter at blive "cut down" (hugget ned). Det er en følelsesmæssig rutsjebanetur, hvor den ene part føler sig mundlam og ude af stand til at sige fra.
Hjertet i sangen er det øjeblik, hvor nok er nok. Selvom kærligheden var intens, som et hjerte der har brug for at slå ("like a heart needs a beat"), er den nu forandret. Den passionerede, røde ild ("fire red") er blevet til en kold, blå farve. Selvom undskyldningen lyder så smuk som en engel, er skaden sket. Sangeren har nået et vendepunkt og erklærer med fuld styrke, at det er for sent. Det er en kraftfuld hymne om endelig at sige fra og anerkende, at nogle gange kan en undskyldning simpelthen ikke reparere det, der er gået i stykker.