Apesar do título, 'Hallelujah' não é uma canção religiosa tradicional. Pelo contrário, é um hino poderoso para todos os 'pecadores'! Brendon Urie, o artista do Panic! At The Disco, convida-nos a celebrar os nossos erros e falhas em vez de nos arrependermos deles. A letra sugere que a sua vida começou de verdade no dia em que foi 'apanhado', transformando o que poderia ser um momento de vergonha numa revelação. É um convite para aceitar o nosso passado e encontrar liberdade nele.
A mensagem principal é sobre uma autoaceitação radical. A canção encoraja-nos a abraçar as nossas 'cicatrizes' e a tristeza que vem com as experiências passadas, sugerindo que é melhor sentir algo do que não sentir nada. É um chamado para assumir a nossa própria história, aprender com ela e usá-la como uma fonte de força. Por isso, levante-se, cante 'Aleluia' e celebre a pessoa que você se tornou, com todas as suas imperfeições.