Apologize betyder 'undskylde'. Det er et centralt ord i sangen, da hele nummeret handler om at sige undskyld, men at det er for sent.
Timbaland synger om, hvordan han er træt af tomme undskyldninger og nu har lukket døren for forsoning. Ordet fanger den følelse af fortrydelse og endelig afvisning, der gennemsyrer sangen.
Har du nogensinde følt dig fanget i et forhold, hvor den ene person har al magten? I "Apologize" maler OneRepublic et billede af netop den følelse. Forsangeren synger om at holde fast i den andens reb, svævende "ten feet off the ground" (tre meter over jorden). Det er en stærk metafor for at være i en usikker og afhængig position. Sangen beskriver en cyklus af at blive fortalt, at man er uundværlig, for blot at blive "cut down" (svigtet) igen og igen. Det er en historie om at føle sig mundlam og magtesløs.
Men så kommer vendepunktet. Selvom kærligheden engang var en "fire red" (brændende rød) passion, og behovet for den anden var lige så essentielt som "a heart needs a beat" (et hjerte har brug for at slå), er den nu blevet kold og "turning blue" (bliver blå). Sangens kernebudskab er den smertefulde, men befriende erkendelse, at en undskyldning ikke altid er nok. Selvom den bliver leveret "like an angel" (som en engel), er skaden sket. Det er for sent at sige undskyld – it's too late to apologize.