Isolation σημαίνει 'απομόνωση'. Είναι μια λέξη που περιγράφει την κατάσταση του να είσαι μόνος ή αποκομμένος από τους άλλους.
Στο τραγούδι, ο τραγουδιστής εκφράζει την έντονη αίσθηση μοναξιάς και πλήξης, λέγοντας χαρακτηριστικά: "Isolation is not good for me, Isolation I don't want to sit on the lemon-tree". Χρησιμοποιεί αυτή τη λέξη για να τονίσει την αρνητική επίδραση της μοναξιάς στην ψυχολογία του, καθιστώντας την κεντρικό θέμα του τραγουδιού.
Το «Lemon Tree» είναι ένα τραγούδι που αποτυπώνει τέλεια την αίσθηση της βαρεμάρας και της αναμονής. Ο τραγουδιστής μας περιγράφει ένα συνηθισμένο, βροχερό κυριακάτικο απόγευμα, όπου νιώθει παγιδευμένος σε ένα «βαρετό δωμάτιο» (boring room). Χάνει τον χρόνο του, δεν έχει τίποτα να κάνει και περιμένει κάποιον, αλλά «τίποτα δεν συμβαίνει ποτέ» (nothing ever happens). Αυτή η αίσθηση μοναξιάς και ακινησίας διατρέχει όλο το τραγούδι, καθώς ο ήρωας νιώθει «τόσο μόνος» (so lonely) περιμένοντας μια αλλαγή που δεν έρχεται.
Η κεντρική εικόνα του τραγουδιού είναι η λεμονιά. Ενώ ο τραγουδιστής θυμάται κάποιον να του μιλάει για τον «καταγάλανο ουρανό» (blue blue sky), που συμβολίζει την ελπίδα και την ευτυχία, το μόνο που μπορεί να δει τώρα είναι μια «κίτρινη λεμονιά» (yellow lemon-tree). Αυτό το δέντρο γίνεται το σύμβολο της μονότονης και στάσιμης πραγματικότητάς του. Η επανάληψη της φράσης «το μόνο που μπορώ να δω είναι απλώς μια λεμονιά» τονίζει την αίσθηση ότι είναι εγκλωβισμένος σε έναν κύκλο, ανίκανος να δει πέρα από την παρούσα, ξινή του κατάσταση.